ImageJ实用技巧——图形量化分析(插件篇)
PAT-GEOM是一个免费的ImageJ插件，由 Ian Z.W. Chan编写[1]。
PAT-GEOM的主要功能是图形的量化分析。该插件可以测量了7种图案特征：
- 形状（Shape）
- 形状方向性（Shape directionality）——横纵比和长轴角度
- 尺寸（Size）——形心
- 对比度（Pattern contrast ）——均方根对比度
- 分布（Distribution）
- 分布方向性（Distribution directionality）——角度和R2值
- 形状随机性（Pattern randomness）——Gif图像分析随机性
官方说明：
一、安装插件
1、打开下面这个网址，下载插件包：
http://ianzwchan.com/my-research/pat-geom/
2、解压后，将整个文件夹放到plugins文件夹（Fiji的安装目录）下
3、重启ImageJ，可以在Plugins下找到PAT-GEOM
二、图片前处理（告诉插件分析哪些区域）
我以下面的DAPI染色的细胞核为例，利用PAT-GEOM测每个细胞核的面积、形心、长细比（最长轴比最短轴）、角度取向。主要是长细比（最长轴比最短轴）、角度取向。
1、将图片转化为8-bit后（Image -> Type -> 8-bit），调节Threshold（Image -> Adjust -> Threshold），框选出细胞核，然后点击Apply
2、填补细胞核的空隙（Process -> Binary -> Fill Holes）
注意：如果有细胞堆叠在一起，需要利用Watershed分割或者手动分割，具体可以参考之前的一篇文章：
3、自动分析颗粒，将每个细胞核的区域加到ROI Manager中（Analyze -> Analyze Particles）
Set Measurements中勾选Area、Centroid、Center of mass。
这一步其实是最关键的一步，相当于告诉插件，它需要分析哪些地方。
这里也可以直接得出细胞核的面积、形心、质心。
大多数参数都可以通过勾选Set Measurements的Shape descriptors得到：
三、PAT-GEOM插件使用
1、打开PAT-GEOM插件（Plugins -> PAT-GEOM）
2、点击Image Type，选择想要测量的参数
例如这里选择length-width ratio and angle of the markings（长细比）：
3、点击Directionality of Shape
即可得到长细比和角度：
其他参数同理~
其他的功能的说明，可以在插件官网下载使用说明或者参考文献。
如果对于ImageJ使用有什么问题可以私信我，或者给我发邮件：zhaoyc9@163.com
更多教程可以关注我的专栏：
希望对大家有帮助~
参考文献
[1].Chan, I.Z.W., Stevens, M. & Todd, P.A. (2018). PAT-GEOM: a software package for the analysis of animal colour pattern. Methods in Ecology and Evolution, 10(4): 591-600.
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